Fue fundada el 23 de marzo de 1536 (478 años) por Juan de Ampudia y Pedro de Añazco, bajo las órdenes de Sebastián de Belalcázar, quien mandó a construir el asentamiento para preparar la fundación de Santiago de Cali, lo que ocurrió tres meses después. El municipio ha recibido diferentes nombres desde su fundación: Villa de Ampudia, Rosario, Rio claro y el Actual Jamundí, que hace mención al valiente cacique Xamundí.​

Ubicado a 9 km de Cali, el municipio se caracteriza por ser plano aunque con algunos terrenos montañosos al occidente (Farallones de Cali), que presenta alturas de hasta 4200 msnm. Se encuentra al sur del Valle del Cauca en la margen izquierda del río Cauca, situándose entre éste afluente y la Cordillera Occidental. Tiene un área total de 577 km². Así mismo posee numerosos ríos entre los que se destacan: Rio Claro, Cauca, Guachinte, Jamundí, Jordán, Pital y Timba.​